남해 전 선원사지는 고려시대 별서(別墅) 건물이 있던 터다. 별서는 고려시대 귀족이 휴양을 위해 집 이외에 별도로 마련한 건물이다. 선원마을에 있는 절터이기 때문에 ‘전 선원사지’라고 한다.
이 절터는 구릉 기슭의 경사진 땅을 4단으로 경계를 지은 뒤 건물을 세웠다. 유적 내에서는 모두 17동의 건물터와 후원, 연못 등의 시설물이 확인되었다. 첫 번째 단의 건물에는 연못을 만들고 중문을 사이에 두고 별당을 설치했다. 두 번째 단은 네모로 된 건물을 지었고 동쪽 건물은 문채로 사용하였다. 그 아래 두 단은 마당이나 작업 공간으로 사용한 것으로 보고 있다.
이곳에서는 고려 문인의 신분을 나타내는 원숭이 모양 청자 연적과 함께 12~13세기에 사용한 유물이 발견되었다. 한편, 고려대장경 종경록 권27에는 '정미년(1247)에 고려국 분사남해대장도감에서 판각하다'라는 뜻의 '정미세고려국분사남해대장도감 개판 (丁未世高麗國分司南海大藏都監 開板)'이라는 기록이 있다. 이를 근거로 전 선원사지는 고려대장경을 판각한 시기인 13세기 초중반의 별서로 보고 있다.